Piega una catena di residui lungo una griglia in modo che le unità idrofobiche si raggruppino in un nucleo sepolto e spremano l'energia fino al minimo comprovato.
Una proteina è modellata come una catena di residui idrofobici (H) e polari (P) su un reticolo 2D. I vicini idrofobici che siedono adiacenti senza essere legati abbassano l’energia. Il tuo obiettivo è piegare la catena in modo che i residui H formino un nucleo compatto e raggiunga l'energia ottimale.
Helixfold è costruito sul classico modello reticolare idrofobo-polare del ripiegamento delle proteine, trasformando la ricerca di una piega in un puzzle.
Una catena di residui idrofobici e polari su un reticolo, dove i contatti H-H non legati abbassano l'energia, è il modello HP del ripiegamento proteico.
Valutare direttamente l'energia, anziché la somiglianza con una forma nota, è l'approccio originale.
L'energia è l'obiettivo giusto perché è ciò che la natura minimizza. L'effetto idrofobico spinge i residui apolari verso l'interno, e un modello che contiene poco altro riproduce comunque il nucleo compatto delle proteine reali: ecco perché il modello HP sopravvive come strumento didattico e di ricerca.
Helixfold si basa sul classico modello reticolare idrofobo-polare del ripiegamento delle proteine, trasformando la ricerca di una conformazione a energia minima in un puzzle tattile. È un browser game originale e gratuito con tre lunghezze di catena e modalità di allenamento giornaliere e più.